È citato in un documento del 1290 come lago Marsignano (Fanizzi, 1984).

Probabilmente dalla fine del settecento, il lago fu denominato San Vito, poiché posto lungo la via che da Conversano va all’abbazia di San Vito di Polignano a Mare.

Il lago, insieme a quelli di Padula e di Castiglione, è stato interessato da un progetto di sistemazione tra il 1986 ed il 1994. Durante i lavori, all’interno delle sue cisterne sono stati ritrovati materiali ceramici e di metallo, in gran parte risalenti a fine XIX-prima metà del XX secolo; solo due boccali in ceramica sono databili al XVI-XVII sec. (L’Abbate, 1995).

L’intervento antropico ha in qualche maniera modellato e modificato l’originaria configurazione del lago: in questo caso però, le modifiche sono probabilmente state meno pesanti, a causa del vincolo morfologico, rappresentato dalla larghezza del solco di erosione, che è occupato interamente dal lago.

Ai margini delle strade adiacenti il lago, sono state messe a dimora dal WWF e dalla Masseria dei Monelli, a fine inverno 2009, delle piantine di quercia spinosa, leccio, alloro, aceri, lentisco, per recuperare e valorizzare due vecchie aree soggette a scarico di materiali inerti.